Dès ses débuts, le cinéma tient une place importante dans la programmation du Centre. En 1994, il célèbre, avec le soutien de la Fondation GAN, le centenaire du cinéma avec notamment la projection de « Jour de fête ».  Il participe également aux trois premières éditions du festival du film de Sarajevo et au festival d’Angers « Premiers plans » tenu a Sarajevo, présidé par Jane Birkin et Ademir Kenović. En 1996, le Centre organise les journées du cinéma français avec Le Monde et les Cahiers du Cinéma. Depuis, il continue de développer une programmation de qualité, qui permet la diffusion en Bosnie-Herzégovine de nombreux films français et internationaux, qu’il s’agisse de fictions ou de documentaires. 
De 2000 à 2003, le Centre Malraux organise à Sarajevo à plusieurs reprises les « Ateliers du Cinéma », des ateliers de plusieurs jours pour étudiants à l’Académie des Arts Scéniques de Sarajevo et autres amateurs cinéphiles. Ces ateliers, organisés avec l’ancien directeur des Cahiers du Cinéma, Alain Bergala, ont donné aux participants l’occasion de travailler avec des acteurs et réalisateurs tels que Emmanuel Béart, Claire Denis, Jeanne Moreau, Denis Lavant, Léos Carax, Nicole Stéphane ou Luce Vigo. Pour soutenir le cinéma en Bosnie-Herzégovine, le Centre organise par ailleurs en 2005 un « concours d’écriture de scénario », dont le premier prix est accordé à Aida Begić qui, sur la base de ce scénario, réalisera en 2008 « Snijeg », montré et primé dans de nombreux festivals internationaux.
Par ailleurs, le Centre André Malraux, par son équipement effectue des traductions et des sous-titrages de film, pour des projections dans le cadre d’évènements culturels mais aussi pour d’autres associations, centres culturels et organisations. Il a ainsi été sollicité en 2009 pour la traduction et le sous-titrage en français de « Na putu » (« Sur le chemin »), le nouveau film de Jasmila Žbanić, qui, en 2006, avec « Grbavica » (« Sarajevo mon amour »), a gagné l’Ours d’or au Festival du film de Berlin. En général, le Centre a au cours des années développé un fort potentiel pour les aides et les aspects techniques aux tournages de films. Nombreuses sont les maisons de productions qui font appel au Centre pour la logistique de tournage en Bosnie-Herzégovine. Plusieurs documentaires sur ARTE et TV5 ont ainsi été réalisés avec l’appui du Centre, et de jeunes réalisateurs français reviennent régulièrement en Bosnie-Herzégovine pour des projets de film. Le film « Notre musique » de Jean-Luc Godard a non seulement été réalisé avec l’aide du Centre, mais constitue en même temps un véritable hommage à son travail, puisqu’il a été tourné à l’occasion des Rencontres Européennes du Livre à Sarajevo en 2003.